Cada una de las facciones cuenta con cuatro clases diferentes. Cada clase tiene su propia historia para jugar independientemente de todas las misiones del juego.
Escuela Xavier para jóvenes dotados[]
Fundada por el doctor Charles Xavier, un visionario telépata que busca ayudar a los mutantes a controlar sus habilidades conviviendo en un ambiente pacífico con la esperanza de, algún día, curar sus relaciones con la humanidad.
Comandante (Cyclops)[]
()[]
()[]
()[]
Hermandad de mutantes[]
Fundada por Erik Lensherr, un poderoso mutante con el objetivo de formar una utopía para su gente y abrir paso a la evolución, ayudándolos a utilizar su potencial para cumplir una causa mayor en contra de los hombres dedicados a erradicar esta nueva especie.